South Melbourne, zwischen dem Südufer des Yarra River und Port Phillip Bay, entstand in der Gegend, die als Emerald Hill bekannt ist, 2 km. südlich von Melbourne. Emerald Hill, ein alter vulkanischer Aufschluss, ragte aus dem umliegenden Sumpfland heraus und hatte eine grünere Vegetation. Seine Erhebung über dem Yarra-Delta zog die erste Siedlung an. Im Sommer trocknete das Sumpfland aus und konnte zur Erholung oder zum militärischen Training genutzt werden. Die Siedlung südlich des Yarra River konzentrierte sich auf Sandridge (Port Melbourne), die durch einen Weg von einem Pier am Sandridge Beach mit Melbourne verbunden war. In den 1840er Jahren gab es in South Melbourne nur wenige Landverkäufe, aber 1852 führte eine Untersuchung von Emerald Hill zur Versteigerung von unterteilten Losen. Die Einigung erfolgte schnell und innerhalb von zwei Jahren beschwerten sich die Bewohner darüber, dass der Stadtrat von Melbourne ihnen keinen Wert für ihre Tarife gab. Am 26. Mai 1855 wurde Emerald Hill zu einem eigenen Bezirk erklärt.
Zur Zeit der Vermessung des Emerald Hill im Jahr 1852 wurde westlich der St. Kilda Road, südlich des Flusses, eine provisorische Gemeinde errichtet. Es war Canvastown, ein niedrig gelegenes Gebiet mit Zeltunterkünften für Einwanderer aus den Goldfeldern. Es dauerte zwei Jahre und gab der ersten Schule (1853) in der Gegend an der Ecke Clarendon und Banks Street ihren Namen. Etwas später wurden in Emerald Hill kirchliche Grundschulen eröffnet: presbyterianische (1854), katholische (1854), anglikanische (1856) und die Waisenhäuser, protestantisch (1856) und katholisch (1857). Ein Institut für Mechanik wurde 1857 eröffnet. Die Eröffnung der Eisenbahn von Melbourne nach Hobsons Bay im Jahr 1854 kam Emerald Hill nicht sehr zugute, da sie das Gebiet umging, aber die Linie Melbourne nach St. Kilda (1857) hatte eine Emerald Hill-Station bei 1858.
Das Land um Emerald Hill blieb für Wohnen oder Industrie ungeeignet, bis es trockengelegt werden konnte. Die Victoria Barracks, auf einem höher gelegenen Land in der St. Kilda Road, wurden 1859 gebaut, und das Militär streifte frei durch die Gegend: Gewehrkolben befanden sich im Albert Park und eine Uferbatterie befand sich am Ende der Kerford Road. Im Jahr 1863 überschwemmten massive Überschwemmungen die Umgebung und die wenigen optimistischen Jungindustrien. Obwohl der Hochwasserschutz bis zum Coode-Kanal (1887) keinen nennenswerten Schub erhielt, förderten Landgewinnung, Entwässerungs- und Uferdammarbeiten die Besiedlung des flachen Gebiets. Die Lagune des Albert Park wurde 1875 ausgegraben, um einen See für Bootsausflüge zu bilden.
Am 1. März 1872 wurde Emerald Hill zur Stadt erklärt, was dazu führte, dass der Rat sein Rathaus von der Cecil Street an die Stelle des protestantischen Waisenhauses verlegte. Staatliche Schulen ersetzten kirchliche Schulen: die Eastern Road School (1877), die Dorcas Street School (1881), die City Road School (1884) und Montague (1889), alle wurden überfüllt, da sich die Bevölkerung von South Melbourne mehr als verdoppelte in zwanzig Jahren und erreichte 1891 fast 42.000. Bevor die Straßenbahnen nach South Melbourne kamen, entstand die Clarendon Street mit einer Haupteinkaufsstraße.
Die Industrie entlang des Flusses war hauptsächlich schädlich gewesen und machte den wachsenden Wohngebieten unangenehm. Der Harbour Trust (1877) zwang die Industrien, sich stromabwärts zu bewegen, und die Produktion ersetzte sie, angezogen durch den besseren Zugang über die Falls (Queens Street) Bridge und den Bau von South Wharf.
Fußballvereine wurden in den 1870er Jahren gegründet und 1879 nahm der South Melbourne Club mit roten und weißen Farben seinen Platz in der Victorian Football Association ein. Es war einer der Gründungsvereine der Victorian Football League im Jahr 1897. Am 25. September 1883 wechselte die Stadt Emerald Hill nach South Melbourne.
Straßenbahnlinien entlang der Clarendon Street und der Park Street wurden 1890 eröffnet, zusammen mit der Verbindung in die Stadt sieben Jahre zuvor mit einer Dampffähre zwischen Clarendon und Spencer Street. Die verarbeitende und lebensmittelverarbeitende Industrie expandierte vom Flussufer aus zurück. Das riesige Tea House-Gebäude aus rotem Backstein, ursprünglich ein Lagerhaus für Schreibwaren (1890), ist ein erhaltenes Beispiel in der Clarendon Street. Bemerkenswerte Küchenmaschinen waren Hoadley's Chocolates (später Allens Sweets) und Sennits Eis. In den 1880er Jahren entstanden Textilfabriken, Holzhändler und Möbelgeschäfte. In der Clarendon Street gab es neben vielen Lebensmittel- und Stoffhändlern auch Möbelhändler. Maples, Tyes und Andersons begannen in South Melbourne und entwickelten sich zu großstädtischen Ketten. Crofts Lebensmittelhändler begannen auch in South Melbourne.
Mit einer Fachschule (1919-92), der St. Joseph's Fachschule (1924-88) und der Umwandlung der Grundschule City Road in die Domestic Arts School (1930) wurde die Ausbildung auf die Sekundarstufe ausgeweitet. Eine andere war die Verlegung der Melbourne Girls' High School in die MacRobertson Girls' High School in einer Ecke des Albert Park im Jahr 1934.
Von den Anfängen von Emerald Hill mit den Waisenhäusern an hat das Wohlfahrtswesen in South Melbourne starke Unterstützung durch die Gemeinschaft erhalten. Der Kindergarten Montague wurde 1909 eröffnet, zusammen mit methodistischen und katholischen Kindergärten innerhalb weniger Jahre. In den 1920er Jahren wurden ein Babywohlfahrts- und Kinderhygienezentrum eröffnet. Als ein Einwohner von South Melbourne, Harold Alexander, 1936 zum Stadtschreiber ernannt wurde, vertiefte der Rat sein Interesse an Wohlfahrtsaktivitäten. Die gemeinnützige Gemeindekasse und die erhöhten Gebühren von Gewerbeimmobilien helfen, Wohlfahrtsaktivitäten zu finanzieren. Zu dieser Zeit empfing South Melbourne die ersten Nachkriegsmigranten, die im Nest zwei Jahrzehnte wuchsen. Cricket und Fußball wurden neben dem South Melbourne Hellas Soccer Club (1959) gespielt, und Englischunterricht für erwachsene Migranten wurde an der Grundschule Eastern Road abgehalten. Die Industrie am Flussufer expandierte und der Kindergarten Montague wurde 1959 geschlossen. Montague verschwand.
South Melbourne hat einen Landstreifen auf der Westseite der St. Kilda Road vom Fluss bis zum Ende des Albert Parks. Ein Teil davon stammt aus der Abtrennung des Albert-Park-Reservats im Jahr 1875, das Grundstücke für Boulevardvillen bereitstellt. Näher am Fluss gab es mehrere institutionelle Landnutzungen: das Homöopathische (später Prince Henry's) Hospital, 1882, das Immigrants' Home (1852-1911) und das Victoria Police Hospital. Auf dem Gelände, das schließlich der Kunstzentrumskomplex sein sollte, befanden sich die Grüne Mühle, Wirths Olympia und (später) die Unterhaltungsstätten Trocadero und Glaciarium.
In den Nachkriegsjahren erstreckte sich Melbournes zentrales Geschäftsviertel über die St. Kilda Road. Land war billiger und der Rat förderte die Entwicklung, die durch die erhöhten Preise angezogen wurde. 1944 einigte sich die Landesregierung mit dem Stadtrat von South Melbourne darauf, dass das Zirkusgelände von Wirth für ein Kulturzentrum reserviert werden sollte. Nachkriegsengpässe verzögerten das Projekt, und der erste Teil des Art Centers wurde 1968 eröffnet. Als die Kultur offiziell nach South Melbourne kam, kam die Gentrifizierung in das Wohngebiet. Das Emerald Hill Precinct ist ein eingetragenes historisches Gebiet und hat sowohl private als auch städtische Naturschutzinitiativen inspiriert. 1981 war die Bevölkerung weniger als die Hälfte der Nachkriegszahl, und die lokale Unterstützung für den Fußballverein hatte nachgelassen. 1982 wurden die Swans zu den Sydney Swans und das Lake Oval verlor seinen Hauptmieter.
Zu den besonders auffälligen Veränderungen seit den 1960er Jahren gehörten Hochhäuser der Housing Commission (Emerald Hill Court, 1962 und Park Towers, 1969), der Westgate Freeway (1975-95) und die Entwicklung von Southbank. In kleinerem Maßstab gab es den Umbau der South Melbourne Gas Works zu einem Park (1982) und den Umbau der Castlemaine Brewery zum Malthouse Theatre (1987).
Am 18. November 1993 wurde das Gebiet von South Melbourne, das als Southbank definiert wurde und sich bis zu den Docklands erstreckt, der Stadt Melbourne angegliedert. Am 22. Juni 1994 wurde die Stadt South Melbourne mit den Städten St. Kilda und Port Melbourne vereinigt, um die Stadt Port Phillip zu bilden.
Die Volkszählungsbevölkerungen der Gemeinde South Melbourne waren:
1861: 8.822
1881: 25.374
1891: 41.724
1921: 46.873
1961: 32.528
1991: 17.712